養殖廢水存在高濃度磷、COD、氨氮等污染物，其可生化性強，相對其他污水處理難度不高。但由于大部分養殖水系統會參與養殖生物水循環，不能隨意投加化學藥劑，否則會影響水中魚、蝦、蟹等生物的正常生長，甚至出現大量死亡，在處理上多采用微生物法。而養殖尾水是不參與養殖生物水循環的，一般示需要考慮過多對水生生物的影響。其處理后主要排入下游污水站。
養殖尾水常用處理方法
普通除磷劑處理養殖尾水沒問題，但對于養殖廢水，則更多建議使用生化+物化處理。生化除磷的過程主要是通過好氧、厭氧或兼性菌吸附大量養殖廢水中磷，一般以聚磷菌為主，并以聚磷酸鹽的形式儲存起來，并這一過程中有機磷進行轉化，同時會以正磷酸鹽的方式釋放出一部分磷，而它吸收的量大于其釋放的量，因此水中的磷含量得到大大的降低，而微生物也得已維持新陳代謝。再通過將水中的污泥養殖廢水除磷劑除磷排出系統，同時將攝入磷的微生物一起帶走，即起到除磷的效果。
對于養殖尾水除磷，由于存在大量有機磷與偏磷，而化學除磷劑一般只對正磷酸鹽起作用，因此，同樣會先采用生化+化學處理，典型的處理工藝有：沼氣池+缺氧池+生物接觸氧化池+沉淀池+水生生物氧化溝+消毒出水。
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